Transnationale Zusammenarbeit insbesondere in Form von Projektpartnerschaften ist als Querschnittsthema auf allen Umsetzungsebenen und Themenfeldern möglich. Baden-Württemberg beteiligt sich im Rahmen seines ESF-Programms etwa an der Umsetzung der 2010 von der EU-Kommission vorgelegten »Europäischen Strategie für den Donauraum«.

Transnationale Zusammenarbeit auf der Ebene von Projekten verfolgt zudem das Ziel, einen grenzübergreifenden Lernprozess für Praktikerinnen und Praktiker zu initiieren. Transnationale ESF-Maßnahmen können aber auch dazu beitragen, den steigenden Bedarf der Unternehmen nach Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern mit interkulturellen Kompetenzen besser decken zu können.